La très grande majorité des patientes ayant mené leur grossesse à terme accouche normalement par voie basse.

Une localisation ano-périnéale de la maladie, avec présence d'abcès ou de fistule, doit faire discuter le principe d'une césarienne du fait des risques infectieux, tant chez la mère que chez l'enfant, et pour ne pas compromettre la fonction sphinctérienne.

Un antécédent de colectomie avec anastomose iléo-rectale ne contre-indique habituellement pas l'accouchement par voie basse, mais la discussion reste ouverte en cas d'anastomose iléo-anale. Les indications d'une césarienne restent essentiellement liées à des problèmes purement obstétricaux, indépendants de la maladie digestive.

L'allaitement n'a pas d'influence sur l'évolutivité de la MICI.

Il n'existe aucun médicament des MICI qui soit compatible sans aucune réserve avec l'allaitement. La sulfasalazine (Salazopyrine®) n'est compatible que lorsque le nouveau-né a au moins un mois. Le lopéramide n'est compatible que dans le cadre d'une utilisation ponctuelle, et non pas continue et à fortes doses. Lorsque la mère est traitée par corticoïdes (surtout à fortes doses) ou salicylés au long cours (toutes formes galéniques de 5-ASA, y compris l'olasalazine (Dipentum®), l'allaitement est déconseillé.

Lorsqu'un homme ou une femme atteint de MICI décide d'avoir un enfant, il faut formellement interrompre tout traitement par Méthotrexate®, dont la prise au moment de la conception (et pour la mère pendant la grossesse) peut faire courir un risque de malformation.

Les hommes voulant concevoir et traités par sulfasalazine (Salazopyrine®) doivent être informés que ce médicament peut réduire la fertilité. Ce phénomène est réversible à l'arrêt du traitement. Les femmes voulant concevoir et traitées par sulfasalazine (Salazopyrine®) doivent être informées que ce médicament fait courir un risque de carence en acide folique, qui peut être préjudiciable au développement du foetus. Il est donc recommandé aux femmes désireuses de grossesse et traitées par Salazopyrine® une supplémentation en acide folique, par exemple sous la forme de trois comprimés de Spéciafoldine® par semaine. Ce traitement doit être débuté dans les mois précédant l'arrêt de la contraception.

Les femmes qui envisagent une grossesse et qui sont traitées par des dérivés salicylés par voie orale (Fivasa®, Pentasa®, Rowasa®) doivent réduire le cas échéant la dose à 2 g/jour (dose maximale autorisée en cas de grossesse) avant la conception et pendant toute la durée de la grossesse.

Les corticoïdes sont utilisables pendant la grossesse en faisant en sorte, si possible, que la dose ne soit pas trop élevée au moment attendu de l'accouchement de l'enfant.

Lorsqu'une femme désireuse de grossesse est traitée par azathioprine (Imurel®), elle doit savoir que ce médicament n'est plus considéré comme accroissant le risque de malformation fœtale. Néanmoins, nous n'avons pas encore une absolue certitude sur l'absence de conséquences à long terme chez les enfants, voire les petits enfants des mères traitées par azathioprine (Imurel®) pendant la grossesse. Il faut donc, au cas par cas, peser le pour et le contre d'un maintien de l'Imurel®. Lorsque l'homme ou la femme traité par Imurel® souffrait d'une MICI sévère avant la mise en route du traitement et a très bien réagi à ce traitement (ce qui leur a permis d'avoir des projets de grossesse), la durée de la rémission sous Imurel® conditionne le risque lié à l'arrêt du traitement. Lorsque la rémission est récente (moins de 2-3 ans), le risque de rechute de la MICI dans l'année suivant l'arrêt est élevé. L'homme qui a arrêté l'Imurel® dans ce contexte risque ainsi de faire une poussée, du simple fait de son désir de paternité. La femme qui vient d'arrêter l'Imurel® a un risque notable de son côté de développer une poussée pendant la grossesse, elle-même menaçant l'issue de la grossesse. Dans cette situation de rémission récente d'une MICI sévère grâce à l'Imurel®, le mieux est probablement de continuer le traitement, tout en laissant le choix au malade après l'avoir pleinement informé. Inversement, lorsque la rémission d'une MICI est ancienne (plus de 4-5 ans), le risque de récidive de la MICI dans l'année qui suit est assez faible et justifie de proposer aux malades d'interrompre le traitement, le temps de mener à bien le projet de grossesse.

Le retentissement de la grossesse est, là encore variable selon le degré d'évolutivité de la maladie lors de la conception.

Il très probable que la maladie restera quiescente si le début de la grossesse se situe en dehors d'une poussée. Le pourcentage de rechute est de l'ordre de 20 % et n'est pas différent du pourcentage de rechute chez des femmes de même âge atteintes de MICI et non enceintes. La rechute, lorsqu'elle existe, survient préférentiellement lors du premier trimestre ou pendant les trois premiers mois suivant l'accouchement.

Lorsque la maladie est évolutive lors de la conception, l'évolution est beaucoup plus aléatoire : dans un tiers des cas, la maladie va s'aggraver (surtout au cours des 3 premiers mois de la grossesse) ; dans le deuxième tiers des cas, la maladie va évoluer, au moins partiellement, favorablement ; enfin, dans le dernier tiers des cas, l'activité de la maladie ne va pas être modifiée durant toute la période de la grossesse.

La reprise évolutive de la maladie de Crohn au cours de la grossesse peut nécessiter la reprise de la corticothérapie. La chirurgie reste bien évidemment l'ultime recours d'une poussée sévère. Le risque fœtal est alors très important. même si des cas d'accouchements normaux ont été décrits après des colectomies réalisées en urgence.

Par rapport aux femmes qui ne prennent pas la pilule, les femmes qui prennent la pilule ont un risque très légèrement accru de voir survenir une MICI. Cependant, une fois que la maladie est déclarée, la prise de pilule ne modifie pas son évolution.

L'utilisation de la pilule n'est pas contre-indiquée au cours des MICI. Toutefois, s'il existe une forte inflammation sur les tests sanguins, avec notamment un taux élevé de plaquettes, l'utilisation des pilules les plus fortement dosées en œstrogènes est à éviter si possible, surtout en cas de tabagisme associé. En effet, il est à craindre dans cette situation un risque accru de thrombose vasculaire, en particulier de phlébite, du fait de l'addition de plusieurs facteurs de risque.

La pilule, à condition qu'elle soit bien prise, est normalement efficace au cours de la maladie de Crohn, 

L'efficacité contraceptive du stérilet repose en partie sur une réaction inflammatoire locale de l'utérus. En théorie on pourrait donc craindre que les traitements anti-inflammatoires puissants, tels que les corticoïdes à forte dose, ne réduisent l'efficacité contraceptive du stérilet.

Les préservatifs sont bien sûr normalement utilisables et efficaces au cours de la maladie de Crohn. Bien employés, ils protègent de plus des maladies sexuellement transmissibles, y compris du SIDA et de l'hépatite B.