Par rapport aux femmes qui ne prennent pas la pilule, les femmes qui prennent la pilule ont un risque très légèrement accru de voir survenir une MICI. Cependant, une fois que la maladie est déclarée, la prise de pilule ne modifie pas son évolution.

L'utilisation de la pilule n'est pas contre-indiquée au cours des MICI. Toutefois, s'il existe une forte inflammation sur les tests sanguins, avec notamment un taux élevé de plaquettes, l'utilisation des pilules les plus fortement dosées en œstrogènes est à éviter si possible, surtout en cas de tabagisme associé. En effet, il est à craindre dans cette situation un risque accru de thrombose vasculaire, en particulier de phlébite, du fait de l'addition de plusieurs facteurs de risque.

La pilule, à condition qu'elle soit bien prise, est normalement efficace au cours de la maladie de Crohn, 

L'efficacité contraceptive du stérilet repose en partie sur une réaction inflammatoire locale de l'utérus. En théorie on pourrait donc craindre que les traitements anti-inflammatoires puissants, tels que les corticoïdes à forte dose, ne réduisent l'efficacité contraceptive du stérilet.

Les préservatifs sont bien sûr normalement utilisables et efficaces au cours de la maladie de Crohn. Bien employés, ils protègent de plus des maladies sexuellement transmissibles, y compris du SIDA et de l'hépatite B.