Sa fréquence varie considérablement d'un pays à l'autre, le taux maximal se trouvant en Europe du Nord-Ouest et aux Etats-Unis. En France, la fréquence de la maladie de Crohn est variable selon les régions. Le nombre de nouveaux cas chaque année est compris entre 4 et 5 pour 100 000 habitants. La maladie de Crohn affecte également les 2 sexes, sans doute un peu plus souvent la femme. Elle est souvent découverte entre 20 et 30 ans mais peut se révéler à tout âge.