La maladie de Crohn est également une maladie inflammatoire intestinale chronique évoluant par poussées. Les signes cliniques peuvent être proches de ceux de la RCH et il est parfois difficile lors des premières manifestations cliniques de savoir à laquelle des deux maladies on est confronté. Il existe cependant des différences fondamentales : la maladie de Crohn peut atteindre n'importe quel segment du tube digestif, depuis la bouche jusqu'à l'anus, souvent de façon discontinue. L'inflammation intéresse toute l'épaisseur de la paroi intestinale.