Elle reste actuellement inconnue.

Plusieurs facteurs sont impliqués dans la survenue de la maladie :
1. Un facteur génétique : il existe une prédisposition génétique à la RCH. La maladie est plus fréquente chez les parents du premier degré d'un malade que dans la population générale.
2. Des facteurs d'environnement : la RCH est moins fréquente chez les fumeurs et très rare chez les sujets ayant été opérés de l'appendice comme si tabac et appendicectomie protégeaient de la RCH.
3. Des facteurs immunologiques : des anomalies du système immunitaire ont été décrites au cours de la RCH. On pense actuellement que ces différents facteurs sont intriqués.

La RCH n'est pas contagieuse. Il n'y pas de transmission directe d'un individu à l'autre.