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(2013/04) MICI : l'analyse du microbiote pourrait prédire l'évolution de la maladie (Accés libre)


MICI : l'analyse du microbiote pourrait prédire l'évolution de la maladie

Auteur : Vincent Richeux

 

Paris, France - « L'implication du microbiote intestinal comme source de biomarqueurs de l'inflammation dans la prise en charge des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) semble prometteuse, contrairement à son utilisation à des fins thérapeutiques, l'ingestion de probiotiques n'étant pas encore concluante », selon le Pr Philippe Seksik, gastroentérologue à l'hôpital Saint-Antoine (AP-HP, Paris), qui est intervenu lors des Journées francophones d'hépato-gastroentérologie et d'oncologie digestive (JFHOD), organisées à Paris du 21 au 24 mars.

 

Microbiote intestinal : 1 à 2 kilos de biomasse

Chez l'homme, le microbiote intestinal, communément nommé flore intestinale, est composé de 10 puissance 14 bactéries, soit dix fois plus que le nombre de cellules de l'organisme, ce qui représente une biomasse de un à deux kilogrammes. Celle-ci est présente tout au long du tractus digestif, en majorité au niveau du colon. Les trois principaux embranchements (phylum bactérien) rassemblant les quelque 500 espèces recensées sont les firmicutes, les bacteroïdes et les bifidobacterium.

L'interaction entre les populations bactériennes et l'hôte est de type mutualiste, chacun tirant profit de la relation. Les bactéries jouent un rôle essentiel dans la digestion et assurent une protection naturelle contre la colonisation par d'autres micro-organismes pathogènes. Les micro-organismes du microbiote assurent également un rôle d'activation, de modulation et de régulation du système immunitaire.

L'étude du microbiote chez les patients atteints de MICI a montré la présence d'une dysbiose, c'est-à-dire un déséquilibre dans la composition de la population bactérienne, également observée pendant la phase de quiescence de la maladie. « A la perte de biodiversité, qui affecte l'ensemble des groupes bactériens, s'ajoute une carence caractéristique en firmicutes, en particulier de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii », une bactérie disposant de propriétés anti-inflammatoires, explique le Pr Seksik.

 

Des changements de la flore intestinale précèdent les poussées

Pour diagnostiquer une inflammation de l'intestin, une caractérisation de la dysbiose ne peut toutefois être envisagée car « les études n'ont pas encore permis de définir une signature microbienne associée aux MICI au moment du diagnostic », souligne le gastroentérologue. Pour l'instant, « il est très compliqué d'utiliser les connaissances sur le microbiote pour poser un diagnostic », précise-t-il.

Une petite étude a ainsi montré qu' « il n'y avait aucune différence significative en termes de groupes bactériens » chez des enfants atteints de MICI, par rapport à des enfants sains, l'espèce F. prausnitzii étant même sur-représentée chez ceux ayant développé une maladie de Crohn. Des « résultats troublants », qui confirment le besoin « d'études épidémiologiques à grande échelle » avant de pouvoir envisager un outil diagnostique.

« Je reste toutefois persuadé que l'apparition d'anomalies au sein du microbiote précède les poussées inflammatoires », a affirmé auprès de Medscape France le Pr Seksik, qui perçoit plus facilement l'analyse du microbiote comme un moyen de prédire l'évolution de la maladie et de prévenir la récidive. « Il faudra toutefois simplifier l'analyse, encore très coûteuse, pour obtenir des outils utilisables en routine », estime-t-il.

« Nous avons observé que les dégâts tissulaires accompagnant une poussée inflammatoire sont précédés d'une dégradation de la dysbiose », précise le Pr Seksik, qui co-dirige l'équipe de l'unité 1057 de l'Inserm (UPMC, UMR 7203, Paris), l'une des rares à travailler sur le sujet. La flore intestinale semble donc être une source potentielle de facteurs prédictifs, des biomarqueurs « dont manquent cruellement les maladies inflammatoires ».

 

Une étude sur 30 sujets dont 19 atteints de MICI
Au cours d'une précédente intervention, Cecilia Landmann, l'une des membres de l'équipe, a présenté les résultats de leurs travaux ayant mis en évidence la présence dans l'écosystème intestinal humain de N-acyl-homosérine-lactone (AHL), des molécules secrétées par certaines bactéries, « qui pourraient être le reflet indirect d'une dysbiose et faire figure de biomarqueurs », souligne le Pr Seksik.

Les AHL sont connus pour être impliquées dans le « quorum sensing », un ensemble de mécanismes permettant une communication interbactérienne, à partir d'un certain niveau de densité en microorganismes, et assurant un rôle de régulation des populations. Alors qu'elles étaient jusqu'à présent associées à des bactéries pathogènes, « c'est la première fois qu'elles sont identifiées dans l'écosystème intestinal humain », a annoncé Cécilia Landmann.

L'équipe du Pr Seksik a pu révéler une variation qualitative et quantitative des AHL selon l'évolution de la maladie inflammatoire. L'étude a porté sur 30 échantillons de selles, 19 provenant de patients atteints de MICI, dont dix en rémission et neuf en poussée inflammatoire, et 11 provenant d'adultes sains servant de témoins. Les critères de non inclusion étaient une prise d'antibiothérapie dans les trois mois et une résection intestinale.

Un protocole d'extraction et d'identification des AHL a été établi. En parallèle, une analyse a été menée sur l'ADN bactérien pour définir le profil du microbiote fécal. « Les résultats confirment une dysbiose chez les patients présentant une poussée de MICI, avec une diminution significative du groupe Clostridium coccoïdes, de Clostridium leptum, (tous les deux du phyla des firmicutes) et une augmentation significative d'Escherichia coli », détaille Cécilia Landman.

 

Recours aux immunosuppresseurs : « pas justifié dans 30 à 40% des cas » 
Neuf AHL différents ont été détectées dans les selles, dont deux majoritaires : les AHL de rapport masse/charge 216,1 et 294,2. « Une diminution significative de l'AHL 294,2 est observée chez les patients présentant une MICI en poussée, comparativement aux patients en rémission et aux témoins ». Pour l'AHL 216,1, « l'augmentation est significative chez les patients atteints de MICI ».

Par ailleurs, il existe une corrélation entre la carence en AHL 294,2 et la carence en firmicutes. « Les groupes présentant une faible concentration en AHL 294,2, présentaient également une diminution significative de C. leptum et du groupe coccoïdes, ainsi qu'une tendance à l'augmentation de l'espèce E. Coli », précise Cécilia Landman.

Les perspectives sont désormais de savoir « quelles bactéries sont productrices de ces AHL ». Il reste également à déterminer « si ces AHL sont capables de moduler l'immunité et la réponse inflammatoire au niveau de l'épithélium intestinal », en particulier l'AHL 294,2, « qui a une structure proche de l'AHL produite par Pseudomonas aeruginosa, dont les propriétés immuno-modulatrices ont été démontrées ».

« Ces AHL étant associées à un profil protecteur, elles pourraient être envisagées comme un moyen biologique de réguler les populations bactériennes, ce qui aiderait à restaurer une biodiversité. Un nouveau type d'anti-inflammatoire serait alors à disposition », estime le Pr Seksik. Etant donné que l'hôte semble disposer de récepteurs aux AHL, les propriétés anti-inflammatoires des AHL pourraient agir directement sur le système immunitaire.

Selon lui, « le recours aux immunosuppresseurs dans le traitement des MICI n'est pas justifié dans 30 à 40% des cas ». « L'identification de biomarqueurs ouvrirait d'excellente perspectives thérapeutiques, en limitant notamment l'utilisation des immunosuppresseurs ».

L'implication du microbiote semble donc plus prometteuse, en l'état actuel des connaissances, en prévention de l'apparition et des poussées de MICI, qu'en traitement. Selon le gastroentérologue, l'ingestion de probiotiques « n'a pas encore apportée de résultats concluants, même si en théorie, leur intérêt clinique est perceptible ». D'autres méthodes thérapeutiques sont à l'essai, comme la transplantation fécale, actuellement expérimentée à l'unité 1057 de l'Inserm.

 

Avril 2013

 

Source : www.medscape.fr

 





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